Původně se celý tok řeky nazýval Mže. Název Berounka je doložen od 17. století, kdy byl úsek řeky na berounském panství nazýván tehdy obvyklým způsobem jako řeka berounských. Na konci 17. století se začal užívat název Berounka pro dolní tok, poprvé je uváděna plzeňským kronikářem J. Tanerem jako tok za městem Berounem. V 18. století používali někteří autoři název Berounky i pro střední tok od Plzně. Za počátek Berounky byl postupně považován soutok Mže a Rakovnického potoka, později se začátek Berounky posunul na soutok se Střelou a ještě později na soutok s Úslavou. Ottův slovník z roku 1908 přesto ještě uváděl Mži jako řeku ústící do Vltavy.